En la estructura organizativa de la Comisión Portuaria Nacional (CPN), la Dirección de Asesoría y Estudios (DAE), tiene a su cargo funciones de asesoría a los puertos en aspectos de mejoramiento en la eficiencia y eficacia de las operaciones portuarias, donde se incluyen estudios e investigaciones de campo sobre el manejo de la carga y las deficiencias en el libre flujo físico de las mismas a través de los puertos. En este campo, también se incluye los aspectos del flujo documental de la carga, para analizar mejor la eficiencia en el mismo y proponer soluciones que contribuyan a la facilitación del comercio exterior del país que transita por el Sistema Portuario Nacional. La combinación de estos aspectos y la adición de otros relacionados con costos, concluyen en estudios de logística operativa en los puertos que realiza la DAE.
Otro aspecto de suma importancia, que es cubierto por la DAE, es la asesoría en la planificación y desarrollo portuario. En dicho campo, se realizan estudios sobre tendencia y estimación a corto, mediano y largo plazo del movimiento de carga en los diferentes puertos, así como asistencia y asesoría en el futuro desarrollo de los puertos. Ejemplos en este tema son el apoyo y la participación en los estudios de justificación para la ampliación y el mejoramiento de las instalaciones y equipos portuarios.
Adicionalmente, a la investigación de campo, la preparación de estadísticas de comercio exterior, así como de movimiento portuario, son elementos fundamentales para que la DAE realice las actividades descritas, en consecuencia, otra de las tareas importantes es la producción de estadísticas confiables, oportunas y válidas que den soporte, no sólo al trabajo de la DAE, sino que apoyen a otras dependencias de la CPN, del Sistema Portuario Nacional y del Clúster Marítimo Portuario en general.
Actualmente, la DAE participa en reuniones de facilitación del comercio exterior junto a la SAT, el MINECO y otras instituciones del Estado y particulares. Otro aspecto importante, es su participación en la Comisión Técnica para la implementación del Corredor Logístico Interoceánico entre los puertos de SANTOCAS-BARRIOS y Acajutla en El Salvador, así como en el Proyecto para la Protección Ambiental y Control de la Contaminación Originada por el Transporte Marítimo en el Golfo de Honduras, representando a la Dirección Ejecutiva de la CPN en el Comité Regional de Gestión (CGR).
Los estudios en proceso son:
1. Optimización del Lay Out del Puerto Santo Tomás de Castilla.
2. Mejoramiento de las Operaciones Portuarias de Puerto Quetzal.
3. Optimización del Lay Out de la Terminal Portuaria de Puerto Barrios.
4. Estudio del flujo documental de la carga en los tres puertos principales del país.
5. Actualización de información básica de indicadores portuarios y mejoramiento de las operaciones portuarias en Puerto Barrios y Santo Tomás de Castilla.