Está ubicado en el litoral Caribe (Latitud 15 o 42" N / Longitud 88º 37" W), a 295 kms. de la Ciudad Capital. desde sus inicios en 1955, opera bajo un régimen estatal. El personal de operaciones incluyendo la estiba pertenece al Puerto. Recientemente y debido al éxito de la modalidad del Puerto, empezó a autorizar a empresas privadas la prestación de ciertos servicios; Fija Tarifas aprobadas por Acuerdo de Gobierno.
El muelle es de tipo marginal y tiene facilidades para manejo de portacontenedores, furgones, carga general, graneles líquidos, graneles sólidos, tanques, cruceros, gaseros, barcazas, frigoríficos, roll on - roll off y buques de carga distintos de los anteriores.
Descripción de los sitios de Atraque: Las instalaciones de atraque están conformadas por un muelle marginal de 914 con orientación sur-oeste/nor-este y formado por 6 sitios de atraque de 152 metros cada uno con un ancho de plataforma efectiva de trabajo de 30 metros, lo cual significa 2.74 hectáreas de plataforma de muelle. Los sitios de atraque son multipropósito, sin embargo algunos de ellos se orientan a cierto tipo de buques. El sitio de atraque No. 3 se ha especializado para la atención de buques roll-on roll-off. En el extremo nor-este del sitio de atraque No. 6 existen instalaciones especializadas para la descarga de graneles líquidos. Los buques de pasajeros son atendidos en los sitios de atraque 1 y 2, donde también se descarga el carbón a granel. Los sitios de atraque 4, 5 y 6 se utilizan principalmente para buques porta contenedores y otras cargas como granel sólido y carga general.
Acceso vía marítima: es a través de un canal de acceso en la bahía de Santo Tomás con una longitud de 10,700 metros conectado a una dársena de operaciones que tiene un área de maniobra para los buques de 677,640 metros cuadrados. El calado en el canal de acceso y en la dársena de operaciones es de 11 metros. Al costado de los sitios de atraque el calado se reduce a 9.50 metros.
Areas de almacenamiento: El puerto cuenta con áreas de almacenamiento para contenedores (refrigerados, secos) llenos y vacíos, así como áreas para almacenamiento de vehículos. Las áreas de almacenamiento de contenedores también son utilizadas para contenedores de transbordo y de re-estiba cuyo tiempo de almacenamiento es relativamente corto. Se cuenta con una rampa y área cubierta propia para el vaciado de contenedores para revisiones de la SAT. Existe también un patio para parqueo de camiones cargados con contenedores que son retirados del recinto portuario y que deben esperar turno para la revisión de la SAT. Las diferentes áreas de almacenamiento tienen las siguientes dimensiones:
Almacenamiento techado
29,681 m2
Patios pavimentados para contenedores
136,169 m2
Patios de terracería para contenedores vacíos
75,000 m2
Patios de terracería para furgones (ro-ro)
19,348 m2
Existen otras áreas de almacenamiento contiguo al recinto portuario, una de ellas para contenedores de exportación y parqueo de camiones, administrado por la Cia. Sea-Land Maerks, un área de almacenamiento de gas administrada por Terminales de Gas S. A. y un área para almacenar carbón a granel.
La conectividad del puerto hacia Centroamérica, México y Panamá vía carretera es como sigue: